Koeru kiriku pikihoones ja kooriruumis on säilinud krohvikihtide all maalingud, millest varasemad on pärit kiriku ehitusajast 13.sajandist. Hilisemate remontide ajal on maalingud kaetud krohvikihtidega. Eesti kirikutes on viimasel ajal leitud mitmeid seinamaalinguid (näiteks Martna, Risti, Järva-Jaani), aga Koeru kiriku maalingud on Eesti kontekstis haruldased. Maalingute olemasolust on mainitud juba 1920 aastal, aga uuringuteni jõuti 1969 aastal. Villem Raam avas toona ühepäevase ülevaatuse käigus mõned maalingud pikihoone vööndkaarte konsoolidel, piilarite kapiteelidel ja lääne seinal kohtades kuhu ilma redelita ligi pääses. 2011.a. tegid EKA muinsuskaitse ja restaureerimise osakonna üliõpilased sondaaze kiriku seintel ja võlvidel.